Theo quyết định, VNX nắm giữ 100% vốn điều lệ của Sở giao dịch Chứng khoán Hà Nội (HNX) và Sở giao dịch Chứng khoán TP HCM (HOSE). Về phân công nhiệm vụ, HNX tổ chức, vận hành thị trường giao dịch chứng khoán phái sinh, thị trường giao dịch trái phiếu. HOSE tổ chức, vận hành thị trường giao dịch cổ phiếu.