KTNN chỉ ra nhiều hạn chế, vi phạm trong việc chi NSNN cho hoạt động xây dựng và quản lý vốn đầu tư, trong đó có nhiều dự án đội vốn 'khủng'. Đơn cử, dự án đường ven biển Dung Quất - Sa Huỳnh tăng vốn hơn 2,3 lần với mức tăng 3.956 tỷ đồng, dự án Hệ thống thủy lợi Tân Mỹ - Ninh Thuận tăng vốn 3 lần với mức tăng 2.687 tỷ đồng, dự án Trung tâm Đào tạo cán bộ Ngân hàng Phát triển VN tại Nha Trang đội vốn gần 40 lần.