Đến nay Nguyễn Xuân Sơn vẫn không thừa nhận việc bàn bạc, thống nhất với Hà Văn Thắm về chủ trương "thu phí". Tuy nhiên, theo cơ quan điều tra, với tài liệu đã thu thập được, đủ căn cứ kết luận Sơn đã bàn bạc, thống nhất với Thắm chủ trương "thu phí" và Sơn là người hưởng lợi từ số tiền này.