Ông Trần Hùng từng trực tiếp chỉ đạo kiểm tra, xử lý vụ sản xuất sách giáo khoa giả quy mô lớn hồi tháng 7/2020. Tuy nhiên, sau khi được đối tượng môi giới tác động, "nhờ" xử lý nhẹ vụ việc, ông Trần Hùng đã không chỉ đạo giải quyết vụ việc.
Theo kết luận của Bộ Công thương, hai Phó Cục trưởng Cục quản lý thị trường (ông Nguyễn Trọng Tín và ông Trần Hùng) có dấu hiệu vi phạm về phát ngôn, gây ra những hiệu ứng không tốt, hiểu sai, hiểu chưa đúng bản chất sự việc.
Trước đề xuất thu thuế thu nhập doanh nghiệp với sàn thương mại điện tử, cơ sở thường trú 'ảo' của doanh nghiệp nước ngoài, Cơ quan thẩm tra đề nghị làm rõ tính khả thi về phương thức thu thuế và những Hiệp định pháp lý có liên quan.