Ông Trần Hùng từng trực tiếp chỉ đạo kiểm tra, xử lý vụ sản xuất sách giáo khoa giả quy mô lớn hồi tháng 7/2020. Tuy nhiên, sau khi được đối tượng môi giới tác động, "nhờ" xử lý nhẹ vụ việc, ông Trần Hùng đã không chỉ đạo giải quyết vụ việc.
Theo kết luận của Bộ Công thương, hai Phó Cục trưởng Cục quản lý thị trường (ông Nguyễn Trọng Tín và ông Trần Hùng) có dấu hiệu vi phạm về phát ngôn, gây ra những hiệu ứng không tốt, hiểu sai, hiểu chưa đúng bản chất sự việc.
Theo kết luận của Thanh tra Chính phủ, hoạt động phát hành trái phiếu tại nhiều doanh nghiệp còn tồn tại nhiều sai phạm, như sử dụng vốn không đúng phương án, hồ sơ phát hành chưa đáp ứng quy định và vi phạm nghĩa vụ công bố thông tin.