Song song với sự phát triển nhanh của ngành, các doanh nghiệp thủy sản vẫn luôn đối diện với nhiều rủi ro thị trường, đặc biệt trong các giai đoạn tín dụng thắt chặt và lãi suất tăng mạnh. Các chuyên gia đánh giá các doanh nghiệp có nhiều vốn có thể dễ thở hơn, nhưng với các doanh nghiệp ít vốn, lệ thuộc vốn vay ngân hàng thì khó khăn gấp bội.