Đối với các đặc khu kinh tế như Phú Quốc, Vân Đồn, Bắc Vân Phong, Bộ Tài chính đề nghị chỉ để lại toàn bộ số tăng thu nội địa phát sinh trên địa bàn trong một thời gian nhất định, nguồn thu từ xuất nhập khẩu nộp ngân sách như quy định của Luật Ngân sách.