Kho bạc Nhà nước Thủ Đức trực thuộc Kho bạc Nhà nước TP HCM trên cơ sở hợp nhất Kho bạc Nhà nước Quận 2, Kho bạc Nhà nước Quận 9 và Kho bạc Nhà nước Thủ Đức.