Đang có một cách hiểu khá sai lầm về dự án BOT, coi đây là dự án của nhà đầu tư tư nhân nên không thuộc đối tượng phải kiểm toán. Thậm chí, nhiều cơ quan Nhà nước còn phản đối thực hiện kiểm toán các dự án BOT. Theo các chuyên gia kinh tế, hiểu như vậy là có sự nhầm lẫn giữa quyền sở hữu và quyền quản lý sử dụng.