Theo đánh giá của TKV, cơ cấu tổ chức hiện tại của tập đoàn dù đã thực hiện tái cơ cấu theo hướng tinh gọn nhưng vẫn còn nhiều đầu mối, một số đơn vị còn manh mún, lao động đông, năng suất lao động tăng chậm...