Chương 2 của Dự luật quy định về giống cây trồng vẫn chưa đề cập đến cây trồng biến đổi gen, trong khi hiện nay giống cây trồng này đang phát triển mạnh, có thể ảnh hưởng đến con người, vật nuôi, môi trường tự nhiên và hệ sinh thái. Nhiều ý kiến đề nghị cần phải đưa nội dung này vào Dự thảo luật để đánh giá tác động sinh học của giống cây trồng này đối với môi trường.

Theo báo cáo thường niên của Tổ chức Quốc tế về tiếp thu các ứng dụng công nghệ sinh học trong Nông nghiệp (ISAAA), diện tích canh tác cây trồng biến đổi gen đã tăng gấp 110 lần sau 21 năm thương mại hoá – phát triển từ 1,7 triệu hécta năm 1996 lên tới 185,1 triệu hécta vào năm 2016.