Sau khi quyết định 41 có hiệu lực (từ 15/11/2018), số lượng 6 Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế hiện tại sẽ nhiều hơn so với quy định 2 người. Còn chiểu theo Quyết định số 115 ngày 28/9/2009 do nguyên Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng ban hành, số lượng Tổng cục phó Tổng cục Thuế đang nhiều hơn so với quy định 3 người.