Sự chồng chéo giữa cơ quan kiểm toán và thanh tra làm ảnh hưởng đến hoạt động bình thường của cơ quan, tổ chức, đơn vị là đối tượng được thanh tra, kiểm toán, từ đó tạo ra dư luận và thái độ thiếu thiện cảm của các cơ quan, tổ chức, đơn vị nhất là cộng đồng doanh nghiệp đối với cơ quan Kiểm toán Nhà nước và cơ quan thanh tra.

Đối tượng của kiểm toán nhà nước không chỉ có tài chính công mà còn có tài sản công, đất công và tất cả phải công khai minh bạch, bất kể là đối tượng nào.