Quy hoạch phân khu quận Ninh Kiều có diện tích hơn 2.923 ha với 4 khu chức năng, gồm khu vực tiếp giáp sông Hậu, khu vực tiếp giáp sông Cần Thơ, khu vực trung tâm hiện hữu và khu vực đô thị phát triển mới.