Nhiều doanh nghiệp trong lĩnh vực nông, lâm, thủy sản đang phải ứng trước hàng chục tỷ đồng để nộp thuế GTGT, trong khi lợi nhuận biên chỉ 1–3%. Cơ chế “thu trước – hoàn sau” cùng mức thuế suất 5% đối với hàng sơ chế khiến dòng tiền bị ứ đọng, làm giảm sức cạnh tranh của hàng Việt trên thị trường xuất khẩu.