Bên cạnh việc kinh doanh thua lỗ hàng chục năm qua thì tình hình tài chính của CTCP Vận tải và Thuê tàu biển Việt Nam kém khả quan khi vốn lưu động âm gần 1.900 tỷ và có hơn 550 tỷ đồng nợ quá hạn tính tới cuối quý II.
Năm 2017, Vận tải và Thuê Tàu biển Việt Nam tiếp tục lỗ 233,4 tỷ đồng. Lũy kế từ năm 2012 đến nay, khoản lỗ lũy kế lên tới gần 1.200 tỷ đồng khiến vốn chủ sở hữu âm trên 680 tỷ đồng.