Khi xây cầu Thủ Thiêm 4 với tĩnh không 10m, gần như toàn bộ khu bến Tân Thuận của cảng Sài Gòn sẽ phải ngưng hoạt động do bến cảng này đang khai thác đối với các tàu biển có tĩnh không phù hợp với cầu Phú Mỹ là 45m.

TP HCM kiến nghị, bến cảng Tân Thuận cần di dời trước năm 2020 để xây dựng cầu Thủ Thiêm 4, các bến cảng còn lại tiếp tục hoạt động theo hiện trạng và nghiên cứu di dời sau năm 2020 hoặc chấm dứt hoạt động khi hết thời hạn thuê đất.