Theo Bộ GTVT, đề xuất ghép 5 dự án thành phần qua 5 địa phương thành một dự án tổng thể để trình thẩm định, phê duyệt chủ trương đầu tư có khác với phương án triển khai đã được chỉ đạo. Do đó, Bộ GTVT kiến nghị Bộ KH&ĐT phối hợp với UBND TP HCM và các địa phương làm rõ hơn về ưu điểm và tính khả thi để báo cáo Thủ tướng xem xét, quyết định.