Kết luận Thanh tra cho biết SAGRI đã chuyển nhượng một số dự án với “giá bèo”, thấp hơn so với thị trường, gây thất thoát ngân sách khi đầu tư không hiệu quả. Ngoài ra, ông Lê Tấn Hùng liên quan trực tiếp việc chi khống 13 tỉ đồng cho cán bộ, người lao động đi học tập tại nước ngoài.