Bên cạnh những thành tựu đáng kể trong thu hút FDI và sản xuất công nghiệp, nền kinh tế Bắc Ninh cũng gặp phải một số khó khăn, đặc biệt trong hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp, với số doanh nghiệp gia nhập thị trường chỉ bằng 56,2% doanh nghiệp rút lui.