Các quỹ đầu tư phát triển và quỹ xúc tiến đầu tư, thương mại và du lịch theo dự thảo Luật đơn vị hành chính – kinh tế đặc biệt có nguồn thu hàng năm từ NSNN, nguồn hỗ trợ đóng góp của doanh nghiệp,... chưa hoạt động độc lập với NSNN, do đó Bộ Tài Chính đề nghị bỏ quy định thành lập các quỹ nêu trên trong dự thảo Luật đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt.