Qua kiểm toán các DNNN, Kiểm toán Nhà nước đã chỉ ra những hạn chế trong việc xác định giá trị DN và xử lý các vấn đề tài chính trước khi công bố giá trị DN cổ phần hóa, nhất là việc lựa chọn phương pháp định giá, xác định giá trị thương hiệu, lợi thế kinh doanh, giá trị các khoản đầu tư tài chính, giá trị quyền sử dụng đất…