Quỹ Hỗ trợ phát triển hợp tác xã có thể cấp bảo lãnh tối đa 100% giá trị khoản vay của bên được bảo lãnh tại TCTD nhưng không vượt quá 80% tổng vốn đầu tư của dự án. Ngoài ra, một số dự án thoả mãn điều kiện còn được Quỹ hỗ trợ lãi suất sau đầu tư.