Cơ quan điều hành Quỹ có trách nhiệm tổng hợp báo cáo đề xuất hỗ trợ đầu tư từ các địa phương và báo cáo đánh giá hồ sơ thực hiện thủ tục hỗ trợ chi phí của doanh nghiệp.

Đến thời điểm thanh tra, Licogi đã hoàn thành kiến nghị xử lý việc sử dụng quỹ hỗ trợ và sắp xếp doanh nghiệp sai mục đích số tiền 38,2 tỷ đồng đồng thời xử lý được khoản đầu tư ra ngoài vượt quá vốn điều lệ.