Về cơ bản khi Lọc dầu Nghi Sơn đi vào hoạt động, Tập đoàn Dầu khí Việt Nam (Petro Vietnam) sẽ phải bù lỗ bình quân 80 - 110 triệu USD/năm, tương đương khoảng 1.800 - 2.500 tỷ đồng/năm, chưa tính đến khoản hỗ trợ trực tiếp 3.833 tỷ đồng để đầu tư các công trình bên trong nhà máy.