Bộ Tài chính đề nghị không áp dụng cơ chế khu phi thuế quan đối với toàn địa bàn đặc khu kinh tế vì sẽ khó khăn trong công tác quản lý, chỉ áp dụng ở bến cảng, sân bay...
Trước đề xuất thu thuế thu nhập doanh nghiệp với sàn thương mại điện tử, cơ sở thường trú 'ảo' của doanh nghiệp nước ngoài, Cơ quan thẩm tra đề nghị làm rõ tính khả thi về phương thức thu thuế và những Hiệp định pháp lý có liên quan.