Cơ quan thuế đã nâng cao tỷ lệ hoàn thuế trước kiểm tra sau theo quy định của pháp luật nhằm đảm bảo không có sai sót. 7 tháng năm 2016, doanh nghiệp đã được hoàn thuế giá trị gia tăng với tổng số tiền hơn 58.000 tỷ đồng, tổng số tiền thuế bị từ chối hoàn trả là hơn 12.000 tỷ đồng.