Trong quá trình thanh tra trách nhiệm của Đại học Quốc gia Hà Nội trong việc tự chủ, tự chịu trách nhiệm về bộ máy, quản lý tài chính và thực hiện các dự án, Thanh tra Chính phủ đã “bỏ lọt”, chưa thanh tra đầy đủ phạm vi thanh tra theo quyết định thanh tra và kế hoạch thanh tra, nhất là một số dự án lớn chưa được thanh tra.