Ngoài phát hiện vấn đề xác định không đúng giá trị doanh nghiệp, Kiểm toán Nhà nước (KTNN) còn chỉ ra các hạn chế về cơ chế, chính sách cổ phần hóa doanh nghiệp Nhà nước (CPH DNNN), kiến nghị với cơ quan chức năng sửa đổi, bổ sung những cơ chế, chính sách còn hạn chế, bất cập trong định giá và xử lý các vấn đề tài chính.