Theo Kiểm toán nhà nước, việc lựa chọn dự án BT theo hình thức chỉ định thầu làm giảm tính cạnh tranh trong thực hiện dự án.

Không thực hiện công bố danh mục dự án để kêu gọi đầu tư; không tổ chức đấu thầu rộng rãi mà chỉ định nhà đầu tư thực hiện, mức tính trượt giá cho chi phí duy tu trong hợp đồng không đúng... là những sai phạm nổi cộm tại dự án BOT cầu Bình Triệu II.