Theo Sở Giao thông Vận tải Hà Nội, bến xe Yên Sở đã được nghiên cứu thận trọng về quy hoạch, xây dựng và hoàn toàn phù hợp với tiến độ định hướng trong đồ án quy hoạch giao thông vận tải.

Bến xe khách Yên Sở sẽ là bến xe khách hiện đại nhất cả nước, gồm tòa nhà hình tròn 3 tầng, diện tích 2.000 m2, công suất 1.000 xe mỗi ngày. Tầng hầm rộng khoảng 5.000 m2 được dùng làm nơi trông giữ xe cho hành khách.

Bến xe Yên Sở với diện tích 3,2ha (cạnh công viên Yên Sở, quận Hoàng Mai) nằm trên đường vành đai 3, cách bến xe Nước Ngầm chỉ 1km được cấp phép lên tới 50 năm khiến nhiều người băn khoăn.