Ngày 03/12/2017, Cơ quan điều tra hình sự Bộ Quốc phòng ra Quyết định khởi tố vụ án hình sự và khởi tố bị can đối với Đinh Ngọc Hệ cùng các đồng phạm. Ngày 04/7/2018, Viện Kiểm sát Quân sự Trung ương ra Cáo trạng số 164/CT-VKSQSTW truy tố các bị can.