Theo Kết luận điều tra cơ quan cảnh sát điều tra, ông Ninh Văn Quỳnh và ông Nguyễn Xuân Sơn đã gây ra thiệt hại lớn cho PVN và đã làm trái quy định Nhà nhước, gây hậu qua nghiêm trọng. Cả hai khiến cho PVN thiệt hại số tiền lên tới 800 tỷ đồng.

Ông Phùng Đình Thực, nguyên Tổng Giám đốc PVN bị khởi tố về tội: “Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng” quy định tại Điều 165 Bộ luật Hình sự, do những sai phạm của ông Thực trong quá trình chỉ đạo thực hiện dự án Nhà máy Nhiệt điện Thái Bình 2.