Là một hình thức thương mại mới và có nhiều điểm khác biệt với thương mại truyền thống, thương mại điện tử xuyên biên giới đặt ra nhiều thách thức về mặt quản lí cho các quốc gia để vừa đảm bảo sự hội nhập với nền thương mại quốc tế, vừa đảm bảo hoạt động quản lí hiệu quả.