Một trong những hạn chế lớn nhất của nông nghiệp hữu cơ Việt Nam trong bối cảnh hội nhập chính hiện nay là hệ thống chứng nhận và quản lý chưa có quy định rõ ràng về nông nghiệp và sản phẩm hữu cơ.
Trong bối cảnh nhiều biến động như lãi suất, tỷ giá, quy định bảo hiểm, cùng với sự bất ổn của thị trường bất động sản và trái phiếu doanh nghiệp, lợi nhuận của ngành ngày càng phụ thuộc nhiều vào hoạt động tín dụng.