Mặc dù nằm trong top 3 ngân hàng có tỷ lệ nợ xấu thấp nhất hệ thống nhưng Kienlongbank hiện có 2.324 tỷ đồng nợ đã được cơ cấu lại và giữ nguyên nhóm nợ (nhóm 1), tuy đã giảm 87 tỷ đồng so với cuối năm trước nhưng chiếm đến hơn 10% trong tổng dư nợ của ngân hàng. 

Trong số 19.422 tỷ đồng nợ nhóm 1 của ngân hàng Kienlongbank, có hai khoản vay đã được cơ cấu lại ít nhất một lần, chiếm tỷ trọng khoảng 11%. Tỷ lệ nợ xấu năm 2016 dừng ở con số 1,03%.