Dù khẳng định sẽ mang lại nhiều lợi ích không chỉ về mặt kinh tế song để chuyển đổi mô hình khu công nghiệp thông thường sang mô hình KCN sinh thái lại có nhiều rào cản khi cần nguồn vốn lớn ngay từ ban đầu và nhiều quy định chưa rõ ràng.