Sự chồng chéo giữa cơ quan kiểm toán và thanh tra làm ảnh hưởng đến hoạt động bình thường của cơ quan, tổ chức, đơn vị là đối tượng được thanh tra, kiểm toán, từ đó tạo ra dư luận và thái độ thiếu thiện cảm của các cơ quan, tổ chức, đơn vị nhất là cộng đồng doanh nghiệp đối với cơ quan Kiểm toán Nhà nước và cơ quan thanh tra.