Trong quá trình hoạt động, vẫn còn một số QTDND không tuân thủ các quy định của NHNN, hoạt động xa rời tôn chỉ mục đích và chạy theo lợi nhuận, công tác quản trị điều hành chưa tốt dẫn đến xảy ra nợ xấu.