Kiểm toán Nhà nước đã chỉ ra nhiều tồn tại, hạn chế trong việc xác định tổng mức đầu tư của dự án cũng như chi phí thực tế trong quá trình thực hiện 3 dự án BT ở Hà Nội. Trong đó, vốn đầu tư thực tế thấp hơn nhiều con số ước tính ban đầu.