Vấn đề cơ bản của tăng trưởng và cơ cấu kinh tế Đông Nam Bộ hiện nay là năng suất. Giống như tình trạng chung của Việt Nam, tăng trưởng GRDP của khu vực này chủ yếu đến từ việc gia tăng các nhân tố đầu vào, bao gồm lao động và vốn, còn tỷ lệ đóng góp từ năng suất rất hạn chế.