Sau 5 năm hợp nhất với Habubank, SHB vẫn đang trong quá trình xử lý hàng loạt khoản nợ còn tồn đọng, trong đó gần 1.000 tỷ đồng nợ tại Vinashin và 1.279 tỷ đồng tài sản gán nợ cần xử lý.