Dự án đường sắt tốc độ cao Bắc – Nam đã tổ chức nhiều hội thảo lấy ý kiến của các chuyên gia, các nhà khoa học để hoàn thiện Báo cáo nghiên cứu tiền khả thi. Tuy nhiên, đến nay vẫn còn những ý kiến khác nhau về kết quả nghiên cứu phương án đầu tư, đặc biệt là việc xác định giai đoạn đầu tư Dự án.