Theo các chuyên gia, bên cạnh vấn đề hiệu quả kinh tế của dự án, những vấn đề liên quan đến quặng chứa tỷ lệ kẽm quá cao so với mức bình thường, nguy cơ về ô nhiễm môi trường, xử lý cát khai thác sẽ là những trở ngại lớn cho dự án mỏ Thạch Khê. Việc tạm thời dừng dự án, đợi khi công nghệ xử lý quặng có tiến bộ mới đưa vào khai thác cũng chưa muộn.